Estas modificaciones pues, resultarán vitales para nuestra supervivencia y muy pronto tendremos que aprender a utilizar dos tipos: los plásmidos y los tónicos. Los primeros otorgarán al jugador habilidades como ataques eléctricos, fuego, hielo, telequinesia,etc. mientras que los tónicos reforzarán permanentemente nuestras capacidades: curación, resistencia a los golpes, habilidades para piratear sistemas, emitir electricidad cuando nos golpeen, etc. siendo posible mejorar e intercambiar los tónicos y los plásmidos que queremos usar ya que tenemos un límite sobre los que podemos llevar al mismo tiempo.
El primer encuentro con una máquina de plásmidos será bastante doloroso, pero tras inyectarnos la peligrosa sustancia podremos lanzar ataques eléctricos con los que paralizar a nuestros enemigos o abrir ciertas cerraduras mediante una descarga. Estas máquinas se encuentran convenientemente repartidas por todo Rapture, pero conseguir los demás plásmidos y tónicos no va a ser tan fácil ya que primero habrá que recolectar el "Adam". Aunque recolectar puede sonar como algo bastante suave, en realidad tendremos que luchar duramente para conseguirlo. El adam surge de un parásito submarino que se adhiere a un huésped, por lo que gracias a las células creadas el sujeto puede utilizar modificaciones genéticas. Para conseguir este preciado elemento, tendremos que buscar por toda la ciudad a las “Little Sisters”, unas pequeñas e inocentes niñas que son capaces de generar grandes cantidades de Adam, por lo que son utilizadas por gente sin escrúpulos para esta tarea. Lamentablemente para nosotros, las niñas siempre van custodiadas por los enemigos más duros del juego, los Big Daddies, unos impresionantes y resistentes guardianes que morirán matando antes de que les toquemos un solo pelo.